Asosiasi Karakteristik Kuantitatif Gen Hormon Pertumbuhan pada Itik Kerinci Menggunakan Metode PCR-RFLP dengan Enzim Pemotong XbaI

Gradiandri Hidayat; Helmi Ediyanto; Depison Depison

doi:10.24014/jupet.v21i2.24455

Asosiasi Karakteristik Kuantitatif Gen Hormon Pertumbuhan pada Itik Kerinci Menggunakan Metode PCR-RFLP dengan Enzim Pemotong XbaI

Gradiandri Hidayat, Helmi Ediyanto, Depison Depison

Abstract

ABSTRAK. Itik kerinci merupakan salah satu plasma nutfah Provinsi Jambi yang perlu dilestarikan. Penelitian itik kerinci perlu dilakukan dalam rangka memperoleh data dasar tentang keragaman genetiknya berdasarkan karakteristik kuantitatif maupun molekuler. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui asosiasi gen hormone pertumbuhan itik Kerinci dengan karakteristik kuantitatif menggunakan metode PCR-RFLP. Materi yang digunakan adalah itik Kerinci sebanyak 96 ekor dan sampel darah itik Kerinci sebanyak 96 sampel. Data yang dihimpun meliputi Asosiasi gen GH dengan karakteristik kuantitatif itik Kerinci menggunakan analisis (uji-t). Vektor nilai rata-rata ukuran-ukuran tubuh itik Kerinci jantan dan betina di analisis menggunakan uji T2-Hotelling. Penentu ukuran dan bentuk itik kerinci dianalisis dengan Analisis Komponen Utama. Analisis data molekuler meliputi: frekuensi genotipe dan alel, keseimbangan Hardy-Weinberg, heterozigositas, dan Polymorphic Information Content (PIC). Hasil penelitian menunjukkan bahwa bobot badan, pertambahan bobot badan, dan ukuran-ukuran tubuh itik Kerinci jantan berbeda nyata (P<0,05) lebih tinggi dibandingkan itik Kerinci betina. Hasil analisis gen GH didapatkan tiga genotip yaitu +/+ (42%), +/- (39%), dan -/- (19%), dengan dua alel yaitu (+) 62% dan (-) 38%. Populasi itik kerinci berada dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg (P<0,05) dengan χ2 3,19. Keragaman itik Kerinci tergolong dalam tingkat sedang dengan hubungan genetik yang masih relatif jauh dengan nilai heterozigositas 0,47. Nilai PIC 0,41 yang menunjukkan bahwa primer yang digunakan cukup informatif sebagai penciri gen GH|XbaI itik kerinci. Kesimpulan: Gen GH|XbaI itik kerinci bersifat polimorfik dan memiliki asosiasi dengan bobot badan, pertambahan bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh dengan genotipe terbaik yaitu +/+.

Kata kunci: Karakteristik kuantitatif, gen hormon pertumbuhan, itik kerinci, XbaI

Association of Quantitative Characteristics of Growth Hormone Genes in Kerinci Ducks Using PCR-RFLP Method with XbaI Cutting Enzyme

ABSTRACT. Kerinci duck is a germplasm of Jambi Province that needs to be preserved. Kerinci duck research must be conducted to obtain primary data on its genetic diversity based on quantitative and molecular characteristics. The aim of this study was to determine the association of Kerinci duck growth hormone genes with quantitative characteristics using the PCR-RFLP method. The material used was 96 kerinci ducks and 96 kerinci duck blood samples. Data collected include the Association of the GH gene with quantitative characteristics of Kerinci ducks using analysis (t-test). The mean value vector of body measurements of male and female kerinci ducks was analyzed using the T2-Hotelling test. Principal Component Analysis analyzed determinants of the size and shape of kerinci ducks. Molecular data analysis included: genotype and allele frequencies, Hardy-Weinberg balance, heterozygosity, and Polymorphic Information Content (PIC). The results showed that body weight, weight gain, and body measurements of male kerinci ducks were significantly different (P<0.05) higher than female kerinci ducks. The results of GH gene analysis obtained three genotypes, namely +/+ (42%), +/- (39%), and -/- (19%), with two alleles, namely (+) 62% and (-) 38%. The kerinci duck population was in Hardy-Weinberg equilibrium (P<0.05) with χ2 3.19. Kerinci duck diversity is classified as moderate, with relatively distant genetic relationships with a Heterozygosity value of 0.47. The PIC value is 0.41, which indicates that the primers used are informative enough to characterize the GH|XbaI gene of kerinci ducks. Conclusion: The GH|XbaI gene of kerinci ducks is polymorphic and has associations with body weight, weight gain, and body measurements, with the best genotype being +/+.

Keywords

quantitative characteristics, growth hormone genes, kerinci ducks, XbaI

Full Text:

PDF (Bahasa Indonesia)

References

Alfano P., Depison dan S. Erina, 2023. Association of Growth Hormone Gen with KUB Chicken Productivity. Buletin Peternakan. 47 (3): 159-167.

Botstein, D., R.L. White, M. Skolnick, & R.W.Davis. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J. Hum. Genet. 32 (3): 314-31.

Budi, D. S., Sutopo, & E. Kurnianto. 2017. Karakteristik morfometrik itik magelang generasi kedua di balai pembibitan dan budidaya ternak non ruminansia satuan kerja itik banyubiru. Prosiding Seminar Nasional Sekolah Tinggi Penyuluhan Pertanian Malang. Hal. 64-71.

Depison., A. Sarbani, Jamsari, Arnim, & Yurnalis . 2017. Association of growth hormone gene polymorphism with quantitative characteristic of thin-tailed sheep using PCR-RFLP in Jambi province. African Journal of Biotechnology. 16(20): 1159-1167.

Dapawole, R.R. dan I. M. A. 2020. Sudarma Pengaruh Pemberian Level Protein Berbeda terhadap Performans Produksi Itik Umur 2-10 Minggu di Sumba Timur. Jurnal Sain Peternakan Indonesia. 15(3):320-326.

Depison., Gushairyanto, & D. Irmaya. 2022. Characterization phenotype and genetic distance some of the native chicken strains in jambi province. Iraqi Journal of Agricultural Sciences, 53(5) : 1154-1166

Ditjennak. 2017. Data Statistik Peternakan dan Kesehatan Hewan 2017. Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Jakarta.

Edward, O., D. E. Berryman, E. A. Jensen, P. Kulkarni, S. McKenna, & J. J. Kopchick. 2019. New insights of growth hormone (GH) actions from tissue-specific GH receptor knockouts in mice. Arch Endocrinol Metab. 63(6): 557-567.

Ghassani, A. F., Depison, and Helmi E. 2022. Association of Quantitative Characteristics with Growth Hormone Gene (GH Gene) in Kerinci Duck Using PCR-RFLP Method. Bulletin of Animal Science. 46(4):248-256.

Gaspersz, V. 2006. Teknik Analisis dalam Penelitian Percobaan. Penerbit Tarsito. Bandung.

Hartatik, T., D. E. Putra, S. D. Volkandari, T. Kanazawa, and Sumadi. 2018. Genotype analysis of partial growth hormone gene (GH891|MspI) in pesisir cattle and simmental pesisir crossbred cattle. J. Indonesian Trop. Anim. Agric. 43(l):l-8.

Khanza, N. K., Gushariyanto., Depison. 2021. Hubungan antara karakteristik telur dengan bobot telur dan bobot day old duck (dod) dengan bobot badan itik kerinci pada berbagai tingkat umur. Jurnal Ilmu dan Industri Peternakan. Vol. 7(2): 159-174.

Nei, M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press. New York.

Nei, M. dan S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. New York.

Nova, T, D., Yurnalis, & A. K. Sari. 2016. Keragaman genetik gen hormon pertumbuhan (GH|MBOII) pada itik Sikumbang Janti menggunakan penciri PCR-RFLP. Jurnal Peternakan Indonesia. 18(1): 44-52.

Pratama, S.A., Depison and Gushairiyanto, 2023. The Relationship Between the Diversity of Growth Hormone Genes and the Body Weight of Sentul Chickens. Jurnal Ilmu-Ilmu Peternakan 33(3): 347-360.

Prawira, R. Depison., Gushariyanto, & S. Erina, 2021. Hubungan morfologi telur dengan bobot telur dan bobot DOC dengan bobot badan ayam Kampung F1. Jurnal Ilmu Peternakan Terapan.5 (1): 19-30

Puja, I. K., I. N, Wandia., P. Suastika, and I. N. Sulabda. 2013. Asosiasi polimorfisme genetika lokus Deoxynucleic Acid (DNA) Mikrosatelit gen Bovine Lymphocyte Antigen (Bola) dengan kualitas semen pada sapi Bali. Jurnal Kedokteran Hewan-Indonesian Journal of Veterinary Sciences 7: 163-165.

Salsabila, S., Depison, D, & S. Erina. 2022. Morphometric characterization and effect of Growth Hormone (GH) gene polymorphism on growth traits of Kerinci duck (Anas platyrhynchos). Livestock and Animal Research, 20(3), 300.

Septa, D.A., E.Kurnianto, & Sutopo. 2019. Polimorfisme protein plasma darah ayam kedu generasi kedua di satker ayam maron temanggung. Prosiding Seminar Nasional Sains dan Enterpreneurship VI. Fakultas Peternakan dan Pertanian. Universitas Diponegoro

Septiasari. N. P. S., K.I Junitha, & N. N. Wirasiti. 2017. Ragam alel DNA Mitokondria Masyarakat Soroh Pande di Bali dengan metode PCR-RFLP. Jurnal Metamorfosa. 4 (2): 210-217.

Sitanggang, E.N, Hasnudi, & Hamdan. 2016. Keragaman sifat kualitatif dan morfometrik antara ayam kampung, ayam bangkok, ayam katai, ayam birma, ayam bagon dan magon di medan. Jurnal Peternakan Integratif. 3(2): 167–189.

Syaifudin., Rukmiasih, & R. Afnan. 2015. Performa itik Alabio jantan dan betina berdasarkan pengelompokan bobot tetas. Jurnal Ilmu Produksi dan Teknologi Hasil Peternakan. 3(2):83-88.

Wahjudi. M., E. Setiawan, & E. N. Tofinastri. 2020. Penggunaan Gen E6 sebagai target deteksi human papillomavirus tipe 11 dengan metode Polymerase Chain Reaction. Jurnal Farmasi Klinik Indonesia. 9(3):205–218.

Wu Y., A. L. Pan., J. S. Pi., Y. J. Pu., J. P. Du., Z. H. Liang, & J. Shen. 2012. One novel SNP of growth hormone gene and its associations with growth and carcass traits in ducks. Mol. Biol. Rep. 39: 8027-8033.

DOI: http://dx.doi.org/10.24014/jupet.v21i2.24455